利用微生物培養(yǎng)基的景觀來預測新的有機體媒體配對

該分析指出跟蹤，如金屬離子和輔因子為主要成分的化合物來考慮嘗試從培養(yǎng)屬內(nèi)生長的新物種時，已經(jīng)在試圖培養(yǎng)的尚未未培養(yǎng)屬以及最近注意到一個原則1，19。為了比較，我們還從KOMODO萃取其中的營養(yǎng)成分是專門添加，刪除或有其濃度從基礎培養(yǎng)基，以生長一個給定的應變變化，并評估，其中每個分量被改變這種方式屬的數(shù)目的所有實例（圖2f，右條形圖）。以這種方式最頻繁改變的化合物是生物常見離子/鹽，接著微量金屬和維生素。因之進一步的證據(jù)表明，這些微量成分在區(qū)分近緣種間增長中發(fā)揮關鍵作用，因此應在未來的媒體設計考慮。

除了這些分析，我們考察在不同的分類級別的化合物，使用廣泛的趨勢跨門類。針對媒體組件的不同類群的富集熱圖中可以找到補充圖4-8和補充說明3 。

媒體使用如下進化和生態(tài)的發(fā)展趨勢

一個隱含的假設，調(diào)查人員試圖培育新的微生物時提出的是，**的媒介開始是從一個系統(tǒng)發(fā)生或生態(tài)的鄰居。盡管其明顯的邏輯，這種假設還沒有，據(jù)我們所知，經(jīng)過了嚴格的測試和驗證。要做到這一點，我們映射生物體DSMZ在Greengenes生態(tài)數(shù)據(jù)操作分類單位聚成環(huán)境（詳見方法;在參考集群20），還從生活項目的交互樹（Itol分類分類21）。我們發(fā)現(xiàn)，事實上，這兩種生物至少有一項實驗中的可能性強烈無論其生態(tài)和系統(tǒng)發(fā)育相似（見相關圖3;ρ=0.76，P=2.3E-13，ρ=0.92，P=1.3E-3，分別為生態(tài)和系統(tǒng)發(fā)育相似，由同居杰卡德指數(shù)（生態(tài)）或反子樹計數(shù)的iTOL分類樹（進化）決定;詳見方法）。這表明親緣和生態(tài)親密是用于確定兩種生物已成功在相同實驗室培養(yǎng)基中生長的可能性良好試探。事實上，我們后來表明，這不只是描述性的東西，在過去已經(jīng)完成，但它持有可經(jīng)預測性用于導出新成功生物體媒體配對的信號。重要的是，機體對的分數(shù)共享中所列媒體實驗室圖。3很可能低估，作為有機體通過媒體矩陣KOMODO是非常稀少的（見上一節(jié)）。當我們執(zhí)行新的生長實驗觀察這的確是維持原判，因為大多數(shù)我們的預測產(chǎn)量的增長（這是不是在KOMODO以前列出）的。

英文原文：

Harnessing the landscape of microbial culture media to predict new organism–media pairings

Figure 1: Schematic of KOMODO, the Known Media Database.

The contents of KOMODO are shown. (a) A map of the structure of the database, showing how major tables and information points connect. (b–d) Numbers of organisms, media and nutritional components present in the database. SEED refers to the Model SEED database16; see KOMODO website and Methods for more details.