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新進(jìn)展!研究長鏈非編碼RNA進(jìn)化方面取得進(jìn)展2024-01-24 17:00
在國家自然科學(xué)基金項(xiàng)目(批準(zhǔn)號:32125007、32230018、91940302、32025007、T2288102、81827809)等資助下,清華大學(xué)張強(qiáng)鋒團(tuán)隊(duì)和北京大學(xué)汪陽明團(tuán)隊(duì)、席建忠團(tuán)隊(duì)在鑒定同源長鏈非編碼RNA(long non-coding RNA,lncRNA)研究方面取得進(jìn)展,研究成果以“計(jì)算預(yù)測和實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證鑒定人類和斑馬魚之間功能保守的長鏈非編碼RNA(Computational prediction and experimental validation identify functionally conserved lncRNAs from zebrafish to human)”為題,于2024年1月9日在《自然?遺傳》(Nature Genetics)雜志發(fā)表。論文鏈接:https://www.nature.com/articles/s41588-023-01620-7。 lncRNA在發(fā)育、腫瘤等多種生理和疾病過程中發(fā)揮重要的調(diào)控作用。目前絕大多數(shù)lncRNA 的功能仍然未知,通過鑒定不同物種間同源的lncRNA,能夠篩選在進(jìn)化上保守且具備重要功能的lncRNA。然而,由于lncRNA的序列保守性較低,傳統(tǒng)的序列比對方法只能在不同物種間鑒定出極少的同源lncRNA。lncRNA在不同物種中的保守性和同源關(guān)系,是領(lǐng)域內(nèi)長期未解決的重要科學(xué)問題。 張強(qiáng)鋒研究團(tuán)隊(duì)首先開發(fā)出一套鑒定不同物種之間同源lncRNA的新型人工智能計(jì)算方法。通過比較基因組和機(jī)器學(xué)習(xí),最終實(shí)現(xiàn)在8種脊椎動物中鑒定出一類具有保守基因組位置以及保守RNA結(jié)合蛋白(RNA-binding proteins,RBP)結(jié)合模式的lncRNA(圖)。研究者進(jìn)一步通過與汪陽明和席建忠團(tuán)隊(duì)開展合作,利用基因敲除、敲低、回補(bǔ)以及蛋白質(zhì)質(zhì)譜等實(shí)驗(yàn)技術(shù),驗(yàn)證了所鑒定的同源lncRNA的功能保守性,并意外發(fā)現(xiàn)這些同源lncRNA在進(jìn)化過程中序列保守性逐漸消失,但是卻保留了RBP結(jié)合模式的保守性,有力地支持了RBP結(jié)合位點(diǎn)在lncRNA進(jìn)化和功能保守中的重要作用。 該工作揭示了脊椎動物中l(wèi)ncRNA進(jìn)化和功能保守的原理,為跨物種研究lncRNA的功能及作用機(jī)制提供了新視角和新方向。 本網(wǎng)站所有轉(zhuǎn)載文章系出于傳遞更多信息之目的,轉(zhuǎn)載內(nèi)容不代表本站立場。不希望被轉(zhuǎn)載的媒體或個(gè)人可與我們聯(lián)系,我們將立即進(jìn)行刪除處理。 |