從HiFi測序角度解惑細胞與基因治療的神話

細胞和基因治療研究對生物制藥開發至關重要，HiFi長讀測序在整個過程中顯著增強了許多測序應用。盡管AAV測序是基因組學的最新應用之一，但它也是當今疾病研究中最有前途的應用之一。腺相關病毒(Adeno-associated virus, AAV)是在基因治療載體上實驗最活躍的病毒之一使用AAV的基因療法和CAR-T等細胞療法有可能治愈以前無法治愈的疾病。尤其是CAR-T細胞癌癥治療，在對抗這種毀滅性疾病方面顯示出巨大的希望。2023年，FDA批準了幾種新的基于AAV的療法和基于細胞的基因療法，用于治療杜氏肌營養不良癥、嚴重血友病A和鐮狀細胞病。

AAV載體的設計對基因治療研究產生了影響，這可能是對抗這些疾病的最后一站，也許還有更多。高度精確的長讀測序支持研究設計、驗證和優化使用這種病毒載體的潛在基因療法。

載體設計在基因治療開發的成功中起著至關重要的作用。在細胞和基因治療中，安全性是最重要的，研發過程也非常漫長，意想不到的錯誤可能會迅速破壞多年的工作，可能會推遲那些需要挽救生命的治療。全面準確地描述AAV產品的特征可以降低臨床試驗中代價高昂的失敗風險。

全面了解靶標編輯和脫靶編輯、載體或構建體整合以及插入突變是驗證AAV產品設計和確保其可制造性的關鍵組成部分。使用特殊的精度和長度的HiFi讀數意味著你可以對你的產品設計充滿信心，避免意外的支線。

高保真閱讀器對組裝基因組很有好處，這是真的，但它們能做的遠不止這些。

細胞計數和基因治療研究是HiFi測序的眾多應用之一。無論是全長AAV測序，基因編輯評估，質?；驍U增子庫篩選，還是載體整合，>20 kb reads和99.9%準確率的HiFi的成功組合都可以讓您檢測短讀測序可能錯過的變體或事件。

你可以在AAV基因治療發展的每個研究階段使用HiFi測序:發現AAV載體:通過靶向測序發現新的衣殼。優化AAV載體設計:通過觀察截斷、碎片和其他非全長異常的頻率來改進設計。

確認mRNA轉錄本:通過全長同種異構體測序量化同種異構體。

研究宿主整合:了解這些事件的頻率，以確保產品的潛在安全性和有效性?確保AAV生產的質量比較載體和未解析的基因組，并評估由不同平臺制作的載體準備

那么基因編輯呢?HiFi測序可以通過以下方式為你的基因編輯研究提供動力:評估基因插入CRISPR目標位點導致的indel和其他突變?檢測罕見的脫靶突變。了解在等位基因特異性Cas9切割的情況下單倍型和SNVs對基因編輯的影響?通過使用無擴增方法避免PCR偏差和局限性

3:準確性對于表征AAV雜質并不那么重要，比如部分基因組。

在所有科學領域，準確性都是至關重要的，在細胞和基因治療研究中，這種風險可以說更高，因為臨床試驗、患者結果和改變生活的治療方法都處于危險之中。

借助高精度的HiFi長讀數，您可以評估AAV中的雜質，如部分基因組，同時獲得有關序列一致性的關鍵信息。PacBio HiFi測序將長讀數的優勢與桑格水平的準確性結合起來。這意味著您可以使用一種技術來監控和改進AAV的發現和制造，降低成本高昂的故障風險，從而將開發時間表推遲數月甚至數年。

缺少關于矢量質量的關鍵信息可能會影響設計的有效性。

4:配對納米孔與是最簡單的方法來表征AAV從倒置串聯重復序列(ITR)到ITR。

事實:這種說法是短視的。

ONT和short-reads都不能完全解析ITRs，使用short-reads時需要額外的生物信息學比對工作。當你能做得更好的時候，為什么要進行多次分析?高度精確的長讀測序結合了準確度和閱讀長度，你需要在一個實驗。永遠不要再因為精確度太低或太短而無法對齊而丟棄讀取。此外，具有HiFi讀數的長讀段測序支持廣泛的應用，這些應用對細胞和基因治療產品的設計和開發至關重要，包括:AAV測序、基于擴增子的構建篩選、基因編輯和靶向和脫靶評估、全長質粒測序、載體整合、RNA測序和全基因組測序。

5:AAV復雜到難以使用PacBio HiFi測序。

事實:這種說法不正確。

PacBio和Form Bio的合作伙伴為AAV測序和數據分析提供端到端的工作流程，在一個一體化的解決方案中優化您的AAV載體設計。該工作流程適用于使用相同協議的ssAAV和scAAV測序。Form Bio工作流程經過PacBio認證兼容，并提供分析軟件來幫助您分析和可視化AAV數據，從而節省時間和資源。