Nature人物：尋找“不同世界”的方法，破譯單細胞的奧秘

紐約基因組中心的科學家Marlon Stoeckius利用研發的一種稱為CITE-seq的新方法，在8000個單細胞轉錄組中監測了10種表面蛋白，完成了迄今為止**規模的多維單細胞分析論證。

在Stoeckius獲得了他的博士學位之后，他成為了Nikolaus Rajewsky實驗室的一名成員，在那里他提出了新問題：“如何能用某種技術解答某個問題？我是否可以“模仿”這個技術？”。在2015年，他加入了紐約基因組中心的新技術創新實驗室，在那里他和他的同事們開發了一種高通量的技術，可以同時檢測單個細胞的內部和外部特征。

這就是與測序相結合的轉錄組和抗原表位細胞索引（Cellular Indexing of Transcriptomes and Epitopes by sequencing ，CITE-seq）技術，過去如果想在單細胞RNA測序樣品制備前捕捉個體細胞的蛋白質信息，人們通常使用流式細胞術（cytometry）。但是這種方法不僅吞吐量（可分析細胞數量）受到限制，而且能檢測的蛋白質標志物也相對較少。CITE-seq的蛋白質檢測組件建立在DNA條形碼抗體基礎上。伴隨著細胞轉錄組DNA條形碼抗體被捕獲，繼而產生序列讀出。

Stoeckius等人為了驗證CITE-seq的力量，研究人員選用多模態數據鑒定自然殺傷（natural killer，NK）細胞亞類，僅憑轉錄組學通常難以區分這類細胞。CITE-seq的細胞群精細區分能力對許多臨床研究應用具應用價值。“其中一個可能的方向是檢測腫瘤標本內單個腫瘤細胞和浸入腫瘤的不同免疫細胞池。這種方法對腫瘤異質性深層表征和新療法發展都非常有用，”Stoeckius說。

Stoeckius在紐約基因組中心度過了愉快的時光，“我現在意識到，如果能在一個真正全新的環境中工作才能令我感到興奮。”對于剛起步的科學家，他提出的建議就是“實驗室的工作真的很令人沮喪，與其在實驗室里做了一些你不喜歡的事情，不如從事一些能讓你的心真正燃燒起來的東西。”

在紐約市，Stoeckius也找到了自己的喜好，比如他在布魯克林的倉庫地下室俱樂部有了新的探索，也經常參加現場爵士樂表演。同時他也騎自行車，探索紐約的文化氣息。 “每個周末看起來都不一樣，”他說。